24 czerwca rodzi się w Krakowie w domu przy ul. Floriańskiej 41 Jan Alojzy Matejko, dziewiąte dziecko Franciszka Ksawerego Matejki, Czecha przybyłego do Polski około 1807 roku, muzyka i nauczyciela muzyki, i Joanny Karoliny Rossberg, córki krakowskiego siodlarza.
Datę tę potwierdza ponad wszelką wątpliwość odkryty przez sędziego Gustawa Groegera w parafii kościoła Św. Krzyża w Krakowie dokument (znajdujący się tam do dziś), a mianowicie zapis w Liber Baptisatorum Ecc. Parochalis S. Crucis Cracoviae et Biały Prądnik, 1823-1855, s. 79.

1 stycznia chrzest Jana Matejki w kościele Św. Krzyża (razem z bratem, Kazimierzem, ur. 6 kwietnia 1841 roku).

15 lipca śmierć siostry, Łucji (ur. 1832), a w roku następnym śmierć matki. Opiekę nad małym Janem i pozostałym sześciorgiem jego żyjącego rodzeństwa przejmuje owdowiała siostra jego matki - Anna Katarzyna Zamojska. Największa zażyłość łączy go w tych latach z siostrą Marynią, starszą o dwa lata (Marianną, późniejszą Golichowską). Tego lub następnego roku rozpoczyna krótkotrwałą naukę w szkole św. Barbary, skąd, źle znosząc wymagania i rygory szkolne oraz dokuczliwość kolegów, zostaje odebrany przez braci, Franciszka i Edmunda, i odtąd uczy się w domu.
Dom Matejków, choć ojciec nigdy nie nauczył się mówić poprawnie po polsku, przesiąknięty jest patriotyczną, czysto polską atmosferą.

Udział braci Matejki - Edmunda i Zygmunta - w wydarzeniach Wiosny Ludów; walczą w kampanii węgierskiej, w której siedemnastoletni Zygmunt ginie pod St. Marton. Edmund, odbywszy z gen. Bemem całą kampanię siedmiogrodzką, przekrada się do Krakowa. Więziony na Wawelu i skazany na twierdzę, zbiega z konwoju i emigruje do Francji, skąd po latach powraca do kraju. Franciszek w tym czasie jest jednym z czołowych działaczy Towarzystwa Wzajemnej Pomocy Naukowej na Uniwersytecie Jagiellońskim (rozwiązanego przez zaborców w styczniu 1849 roku).

Jan, przygotowany przez Franciszka, zdaje dobrze egzamin wstępny i jesienią 1848 rozpoczyne naukę w Gimnazjum św. Anny. W 1851 kończy edukację gimnazjalną, nie uzyskawszy z powodu niedostatecznych postępów w nauce promocji w III klasie.
W szkole zaprzyjaźnia się ze Stefanem Giebułtowskim, w którego domu poznaje jego najmłodszą siostrę, Teodorę i brata, Stanisława.

Rozpoczyna studia w krakowskiej Szkole Sztuk Pięknych na ul. Wesołej pod kierunkiem Wojciecha K. Stattlera. Widząc zdolności muzyczne syna, ojciec uczy go gry na fortepianie, mając nadzieję, że w przyszłości zechce wybrać zawód muzyka, pewniejszy jego zdaniem niż zawód malarza. Muzykiem Matejko nie został, zachował jednak zamiłowanie i fachowe przygotowanie muzyczne.

Od tego roku profesorem kierującym jego studiami w Szkole Sztuk Pięknych zostaje bardzo mu życzliwy Władysław Łuszczkiewicz, którego prace badawcze nad zabytkami przeszłości zaważyły w dużym stopniu, zapewne bardziej niż wskazówki pedagogiczne, na formowaniu się osobowości artystycznej Matejki. Wśród jego pedagogów był także Feliks Szynalewski. Drobny, wątły, krótkowzroczny, jest Matejko jednym z najpilniejszych i najspokojniejszych spośród uzdolnionych uczniów szkoły.
Na pierwszej w tym roku publicznej wystawie malarstwa w Krakowie budzą jego ogromny entuzjazm prace Piotra Michałowskiego i Henryka Rodakowskiego, a także pokazane tam dzieła malarstwa włoskiego.
Korzystając z pomocy brata Franciszka, doktora (później docenta) Uniwersytetu Jagiellońskiego, pogłębia systematycznie swą wiedzę historyczną. Od tego roku spędza często wakacje z młodymi Giebułtowskimi u ich rodziny - Serafińskich, mieszkających w Nowym Wiśniczu, który, jak napisał później: "dzielił zarówno moje przywiązanie z Krakowem.

Zacieśnia serdeczne kontakty z rodziną Giebułtowskich w Krakowie, u których spędza wigilię Bożego Narodzenia.

Zatarg z prof. Stattlerem w Szkole Sztuk Pięknych - przez pewien czas Matejko przestaje uczęszczać na zajęcia.
Rozpoczyna korespondencję ze starszym o trzy lata Stanisławem Giebułtowskim, wówczas studentem teologii. Z czasem zawiąże się między nimi głęboka przyjaźń, trwająca do przedwczesnej śmierci tego ostatniego.

Tego roku sprawia sobie pierwsze okulary, na które dotąd nie mógł sobie pozwolić z braku środków finansowych.

Kończy studia w krakowskiej Szkole Sztuk Pięknych i otrzymuje stypendium rządowe. W maju w "Czasie" ukazuje się pierwsza recenzja obrazu młodego artysty - Lucjan Siemieński przychylnie ocenia Karola Gustawa z Szymonem Starowolskim, obraz pokazany na wystawie w TPSP. Latem odbywa wycieczkę w Tatry z grupą kolegów szkolnych (A. Kotsisem, F. Cynkiem, S. Jaroszyńskim i W. Tarnowskim).
W grudniu wyjeżdża do Monachium; tam zapisuje się na kurs przygotowawczy (zw. Naturklasse), prowadzony przez prof. Hermana Anschutza.
Zaprzyjaźnia się z Izydorem Jabłońskim-Pawłowiczem, kolegą jeszcze z Krakowa, autorem późniejszych wspomnień o malarzu. Bliskie kontakty utrzymuje z A. Gryglewskim i P. Filippim.

W pracowni Anschutza otrzymuje medal brązowy za studium aktu męskiego.
W październiku zapada na tyfus i po dwóch miesiącach kuracji w szpitalu wraca do Krakowa, gdzie musi się stawić przed komisją wojskową. Do Monachium na studia już nie wraca.

Od maja do lipca przebywa w Wiedniu, gdzie tylko przez kilka dni studiuje w tamtejszej akademii u Chrystiana Rubena (porzuca studia wobec zatargu z profesorem o obraz Jan Kazimierz na Bielanach).
26 października umiera ojciec Matejki. Jan coraz bardziej zaprzyjaźnia się z Leonardem Serafińskim, notariuszem i radcą prawnym Potockich z Zatora, późniejszym szwagrem, już teraz otaczającym artystę dyskretną opieką. Zaprzyjaźnia się też z Józefem Szujskim; po połowie lat 60-tych nastąpi rozluźnienie tej przyjaźni.

Z prowizorycznej pracowni na III piętrze rodzinnego domu przenosi się do pracowni dzielonej z Florianem Cynkiem w domu Jana Fischera "Pod Konikiem", a po kilku miesiącach wynajmuje pracownię przy ul. Krupniczej (przerobioną z zakładu fotograficznego Waleriana Rzewuskiego). Stanisław Giebułtowski zostaje księdzem i obejmuje pracę katechety w Czernichowie. Za pośrednictwem TZSP w Warszawie Matejko sprzedaje Otrucie królowej Bony i Jana Kazimierza na Bielanach. Wystawa w Zachęcie "Otrucie królowej Bony".

Wolne chwile spędza u Giebułdowskich w Nowym Wiśniczu, dokąd Teodora z matką przeniosły się po śmierci ojca, oraz u Serafińskich w Bochni. Zaręcza się z Teodorą Giebułtowską. Dalsze zakupy obrazów (Zabicie Wapowskiego przez księcia Władysława Sanguszkę i Jana Kochanowskiego z Urszulką przez krakowskie TPSP) pozwalają Matejce osiągnąć pewną niezależność materialną.
Doroczną premierą TZSP jest w tym roku litografia wg obrazu Matejki Otrucie królowej Bony.

W powstaniu styczniowym ginie pod Miechowem przyjaciel Matejki, Stefan Giebułtowski. Sam Jan chciał początkowo też walczyć w powstaniu, ale z zamiaru tego zrezygnował ze względu na zdrowie. Ograniczył się do wspólnej z Józefem Szujskim wyprawy z transportem broni do obozu Langiewicza w Goszczy (Miechowskie) i dużej, jak na ówczesne możliwości, składki (500 guldenów) na cele powstańcze.
W wielkim pożarze Wiśnicza ulega zniszczeniu dom Serafińskich, w którym mieszkały Giebułtowskie.
W tymże roku odwiedza Dębno. Dorabia na utrzymanie udzielając lekcji rysunku.

Wielki sukces Kazania Skargi; Towarzystwo Naukowe w Krakowie mianuje Matejkę swym członkiem, a Maurycy Potocki z Zatora kupuje obraz za 10 000 zł reńskich.
21 listopada Matejko bierze ślub z Teodorą Giebułtowską w kaplicy cudownej Matki Boskiej Piaskowej w kościele Karmelitów w Krakowie.

Odbywa wraz z żoną podróż do Paryża, odznaczony tam złotym medalem za Kazanie Skargi.
Rodzi się syn, Tadeusz.
Matejko przebywa na wypoczynkach u Serafińskich w Bochni, przelotnie bawi w Odrzykoniu.